东莞公司申请香港科技券，需要按照以下步骤进行：

1. 确认申请资格： - 公司方面：东莞公司必须在香港有实质业务运作，而该业务须与申请项目相关。可以提供近3个月的业务运作证明文件，如银行交易记录、租约证明、供货商或客户的合同、近期经审计账目、利得税报税表及评税通知书等。 - 其他要求：根据香港《公司条例》在香港注册成立的公司；并非香港上市公司，亦非政府资助机构或任何政府资助机构的附属公司。

2. 准备申请文件： - 公司的商业登记证或公司注册周年申报表副本。 - 代表公司的有效香港身份证（如果是东莞公司在香港的负责人或授权代表）。 - 实质业务运作的证明文件副本。 - 已签署的诚信及不合谋报价或投标确认书副本。 - 至少两份不同供应商的项目报价单副本，详细说明项目的费用预算及服务内容。

3. 注册用户账号：访问香港科技券计划管理系统网站，注册成为用户。

4. 提交申请：在系统中填写申请表格，并上传所有必要的文件。建议参考提供的已填妥申请表格样本，确保信息填写正确完整。

5. 等待审核：秘书处收到申请后，会进行资格查核和初步评估。如有需要，可能会要求申请者提供补充资料。

6.获知结果：根据承诺，在收到所有必要资料后的一定工作日内（通常为60个工作日左右），申请者将收到申请结果通知。

7. 签订协议：如果申请获得批准，申请者需要与政府签订资助协议。自2021年11月10日起，获批的申请者可以在网上预约签订资助协议的日期和时间。 需要注意的是，整个申请过程较为复杂，建议提前了解相关政策和要求，确保申请的顺利进行。同时，申请科技券的项目必须能够直接提高企业的生产力或帮助业务升级转型。